Biserica San Pio da Pietrelcina a fost dorită cu tărie de călugării minori capucini, frații lui Padre Pio, și de numeroșii săi devoți pentru a adăposti mai bine moaștele sfântului și a da demnitate sărbătorilor euharistice, în special cele de duminica cu un aflux mare de credincioși .
Ideea arhitecturală a fost concepută de apreciatul arhitect Renzo Piano, cu colaborarea monseniorului Crispino Valenziano pentru aspectul liturgic.
Pentru a-i ghida pe credincioși în pelerinajul lor către acest loc sacru, călugării capucini i-au încredințat preotului Părinte Marco Ivan Rupnik realizarea unui traseu iconografic. Această cale îi încurajează pe credincioși să redescopere sensul vieții lor de botez (calea omului nou) și să o urmeze către Hristos, inspirându-se din exemplul Sfântului Pio și al Sfântului Francisc de Assisi. Ulterior, îi introduce pe credincioși în Taina lui Hristos (Palatul Regelui Cerurilor), splendid înfățișat în biserica de jos prin lucrări iconografice.
