Biserica Sant'Egidio di Pantano, din care ruine, se ridică la aproximativ 3 km est de San Giovanni Rotondo, situat la poalele Monte Calvo pe o terasă naturală cu vedere la o întindere vastă, orientată est-vest, care a găzduit un lac aluvionar care a fost acum recuperat, numit Pantano, care încă dă numele zonei.
Existența bisericii Sant'Egidio a fost documentată pentru prima dată în 1086, într-un act de donație de către contele normand Enrico, stăpânul Monte Sant'Angelo, a bisericii însăși și a altor pământuri din jur, inclusiv a lacului, către mănăstirea benedictină a SS. Treime din Cava de' Tirreni. La donație, călugării din Cava au intrat în posesia nu numai a bisericii, deja ruinată sau încă în construcție, ci și a numeroaselor terenuri și dreptul de a pescui în mlaștină.
Biserica a fost inițial alcătuită, cel mai probabil, dintr-un mic nucleu care, datorită harniciei călugărilor, a fost extins și îmbogățit cu toate amenajările necesare slujbelor și sărbătorilor.
Capacitatea de cavensi priori care s-au succedat la cârma micii comunități monahale, au favorizat atât creșterea proprietăților de pământ, achiziționarea de pământ situat în fiecare parte a Gargano, cât și asistența și ospitalitatea pelerinilor și călătorilor care, călătorind de-a lungul „Via Francesca”, s-au dus în orașul Monte Sant'Angelo pentru a vizita sanctuarul Mihail.
De altfel, într-un document din iulie 1113 se menționează ahospitalis Sancti Benedicti', o structură de primire care cel mai probabil nu exista înainte de sosirea călugărilor Cava.
În secolul al XII-lea, în apropierea acestei comunități de călugări s-a înființat un sat (numit și fermă) de coloniști, asupra căruia starețul Cavei își exercita jurisdicția printr-un executor judecătoresc.
Situația economico-socială schimbată care a caracterizat întreaga regiune în cursul secolului al XIII-lea a marcat declinul și dispariția bruscă a satului și transferul locuitorilor în localități închise, de fapt. în 1270 „casale di Sant'Egidio” a fost abandonată.
Documentația de care dispunem în prezent nu ne permite să știm dacă prezența monahală a fost continuă sau ocazională în secolele următoare, cert este că în cursul secolului al XIV-lea mai erau prezenți în Sant'Egidio unii călugări ducând o viață aproape sihăstrică în încăperi atașate bisericii însăși.
Totuși, documentele referitoare la secolele al XVII-lea și al XVIII-lea sugerează că custodia bisericii a fost încredințată unui oblat din Cava, în timp ce oficierea a fost efectuată de un preot din San Giovanni Rotondo: în 1613, de fapt, liturghia se oficia în fiecare sâmbătă. ; biserica a fost frecventată până în secolul al XIX-lea chiar și după suprimarea din 1807, în urma căreia locuitorii din Cava și-au pierdut dependența de Sant'Egidio și teritoriul a fost unit cu proprietatea statului din jur.
În documentele aflate în posesia Mănăstirii Cavei de Tirreni există o singură referire, în ceea ce privește mobilierul, la un tablou al Madonei așezat pe altarul principal al bisericii; nu există nicio referire la construcția sau structura sa internă.
În acest sens, este utilă documentația, constând în Vizitele Pastorale efectuate periodic de episcopii eparhiei Manfredonia, referitoare la secolele al XVII-lea și al XVIII-lea. Acestea conțin descrieri destul de precise ale condițiilor bisericii, altarelor și mobilierului. În prezent, în interiorul bisericii nu sunt vizibile altare.
De asemenea, nu există lipsuri indicii de devotament popular în atestarea din 1676 a unei cortegi'care se face de la biserica mamă până la această biserică din Sant'Egidio la a treia sărbătoare a Paștelui".