A Igreja de São Pio da Pietrelcina foi fortemente desejada pelos Frades Menores Capuchinhos, irmãos do Padre Pio, e pelos seus numerosos devotos, a fim de melhor acomodar as relíquias do santo e dar dignidade às celebrações eucarísticas, especialmente aquelas aos domingos com grande afluxo de fiéis.
A ideia arquitetônica foi concebida pelo aclamado arquiteto Renzo Piano, com a colaboração de Monsenhor Crispino Valenziano para o aspecto litúrgico.
Para orientar os fiéis na sua peregrinação a este lugar sagrado, os frades capuchinhos confiaram ao padre Padre Marco Ivan Rupnik a criação de um percurso iconográfico. Este caminho encoraja os fiéis a redescobrirem o sentido da sua vida batismal (o caminho do homem novo) e a segui-la rumo a Cristo, inspirando-se no exemplo de São Pio e de São Francisco de Assis. Posteriormente, introduz os fiéis no Mistério de Cristo (O palácio do Rei dos Céus), esplendidamente representado na igreja inferior através de obras iconográficas.
