A igreja de Sant'Egidio di Pantano, da qual o ruínas, nasce cerca de 3 km a leste de San Giovanni Rotondo, localizado no sopé do Monte Calvo num terraço natural sobranceiro a uma vasta extensão, orientada nascente-poente, que albergava um lago aluvial hoje recuperado, denominado Pantano, que ainda dá nome à zona.
A existência da igreja de Sant'Egidio foi documentada pela primeira vez em 1086, numa escritura de doação do conde normando Enrico, senhor do Monte Sant'Angelo, da própria igreja e de outros terrenos circundantes, incluindo o lago, à abadia beneditina dos SS. Trindade de Cava de' Tirreni. Com a doação, os monges da Cava passaram a possuir não só a igreja, já em ruínas ou ainda em construção, mas também numerosos terrenos e o direito de pescar no sapal.
A igreja originalmente era provavelmente constituída por um pequeno núcleo que, graças à laboriosidade dos monges, foi ampliado e enriquecido com todo o mobiliário necessário aos serviços e celebrações.
A capacidade de anteriores cavensi que se sucederam à frente da pequena comunidade monástica, favoreceram tanto o aumento da propriedade fundiária, comprando terrenos localizados em todas as partes do Gargano, como a assistência e hospitalidade aos peregrinos e caminhantes que, viajando pela 'Via Francesca', foram à cidade de Monte Sant'Angelo visitar o santuário miálico.
De facto, num documento datado de Julho de 1113, há menção de umhospitalis Sancti Benedicti', uma estrutura de acolhimento que muito provavelmente não existia antes da chegada dos monges Cava.
Durante o século XII, perto desta comunidade de monges, estabeleceu-se uma aldeia (também chamada de quinta) de colonos, sobre a qual o abade de Cava exercia a sua jurisdição através de um oficial de justiça.
A alteração da situação económico-social que caracterizou toda a região durante o século XIII marcou o declínio e o súbito desaparecimento da aldeia e a transferência dos habitantes para localidades fechadas, aliás em 1270 a 'casale di Sant'Egidio' foi abandonada.
A documentação de que dispomos actualmente não nos permite saber se a presença monástica foi contínua ou esporádica nos séculos seguintes, o certo é que durante o século XIV alguns monges ainda estavam presentes em Sant'Egidio levando uma vida quase eremita no salas anexas à própria igreja.
No entanto, documentos relativos aos séculos XVII e XVIII sugerem que a custódia da igreja foi confiada a um oblato de Cava, enquanto a oficiação foi realizada por um padre de San Giovanni Rotondo: em 1613, de facto, a missa era celebrada todos os sábados. ; a igreja foi frequentada até o século XIX mesmo após a supressão de 1807, após a qual o povo de Cava perdeu a dependência de Sant'Egidio e o território foi unido à propriedade estatal circundante.
Nos documentos em poder da Abadia de Cava de' Tirreni há uma única referência, no que diz respeito ao mobiliário, a uma pintura de Nossa Senhora colocada no altar-mor da igreja; não há referência à sua construção ou estrutura interna.
Neste sentido, é útil a documentação constituída pelas Visitas Pastorais realizadas periodicamente pelos bispos da diocese de Manfredonia, relativas aos séculos XVII e XVIII. Eles contêm descrições bastante precisas das condições da igreja, dos altares e do mobiliário. Atualmente não existem altares visíveis no interior da igreja.
Também não falta indícios de devoção popular no atestado de 1676 de uma procissão'que é feito desde a igreja matriz até esta igreja de Sant'Egidio na terceira festa da Páscoa'.