O centro histórico, que alberga actualmente cerca de 4500 habitantes, ainda segue a imagem urbana de vila medieval primitiva, historicamente atestada na Era Normanda por volta do ano 1000, contida pelos restos de uma muralha da Era Angevina e recolhida em ruas estreitas e algumas aberturas significativas. As casas são de construção antiga e simples, com exceção de algumas das inúmeras igrejas que embelezam a antiga vila.
O país leva o nome vem da forma circular do batistério medieval de San Giovanni, localizado a leste do centro da cidade, recentemente restaurado e reaberto ao uso. No entanto, a história de San Giovanni Rotondo remonta a antes da Idade Média. Temos um conhecimento razoável do subsolo do centro da cidade. De uma série de sepulturas encontradas durante obras rodoviárias ou durante escavações de caves na cidade, cujos bens funerários foram em grande parte perdidos, a presença de Cerâmica geométrica dauniana, policromada, datado entre os séculos VI e IV a.C., e dois grandes e pesados jarros globulares de terracota esbranquiçada. As sepulturas agruparam-se em torno do núcleo formado pelo antigo centro urbano: um grupo a oeste, alguns a leste, outros a sul da estrada principal. A presença de um eixo rodoviário e comercial parece constituir-se como uma constante fixa na evolução histórica da vila, situada numa colina, em posição estratégica pelo controle das rotas de transumância de curto alcance e dos numerosos tráfegos que tiveram que ocorrer entre o Gargano e o Tavoliere.
Os primeiros documentos relativos a San Giovanni Rotondo datam do século XI. A primeira menção histórica conhecida até agora da cidade de San Giovanni Rotondo ainda permanece o privilégio concedido em novembro de 1095 por Enrico Conde de Monte Sant'Angelo ao mosteiro de San Giovanni in Lamis.
O conde Enrico, a pedido do abade Benedetto de San Giovanni in Lamis, confirmou todas as concessões anteriores ao mosteiro e concedeu novas terras.
Desenvolvido durante os séculos seguintes, tornou-se um importante centro econômico, especialmente no século XIV, quando, libertado do controle feudal do vizinho mosteiro mencionado, foi dotado de muralhas. Livres da hegemonia da vizinha e poderosa abadia, os cidadãos transformaram a cidade, alargando o controlo sobre o território envolvente, intensificando as actividades económicas, construindo uma muralha protegida por várias torres por toda a cidade, símbolo tangível de uma dolorosa autonomia, infelizmente não está destinado a durar muito.
Em 27 de janeiro de 1397, a Rainha Margherita afirmou a promiscuidade do território de San Giovanni Rotondo e Monte Sant'Angelo e o direito dos habitantes de madeira, água e pastar. Neste decreto é feita referência a castrum S. Joannis Rotundi.
Em 1464, o rei Fernando deu o senhorio de Trani, Monte Sant'Angelo e San Giovanni Rotondo a Giorgio Castriota Scanderberg, filho do príncipe da Albânia, em virtude dos serviços prestados à coroa.