Kościół San Pio da Pietrelcina był gorąco pożądany przez braci mniejszych kapucynów, braci Ojca Pio i jego licznych wyznawców, aby lepiej pomieścić relikwie świętego i nadać godność celebracjom eucharystycznym, zwłaszcza tym niedzielnym z mszą św. duży napływ wiernych.
Pomysł architektoniczny wyszedł spod ręki uznanego architekta Renzo Piano, przy współpracy prałata Crispino Valenziano w zakresie aspektów liturgicznych.
Aby poprowadzić wiernych w pielgrzymce do tego świętego miejsca, bracia kapucyni powierzyli księdzu Marco Ivanowi Rupnikowi stworzenie szlaku ikonograficznego. Droga ta zachęca wiernych do ponownego odkrycia sensu życia chrzcielnego (droga nowego człowieka) i podążania nim w kierunku Chrystusa, inspirując się przykładem św. Pio i św. Franciszka z Asyżu. Następnie wprowadza wiernych w Tajemnicę Chrystusa (Pałac Króla Niebieskiego), wspaniale przedstawioną w dolnym kościele poprzez dzieła ikonograficzne.
