Kościół Sant'Egidio di Pantano, z którego gruzy, wznosi się około 3 km na wschód od San Giovanni Rotondo, położonego u podnóża Monte Calvo na naturalnym tarasie z widokiem na rozległą przestrzeń, zorientowaną ze wschodu na zachód, na którym znajdowało się obecnie zrekultywowane jezioro aluwialne, zwane Pantano, od którego do dziś pochodzi nazwa tego obszaru.
Istnienie kościoła Sant'Egidio zostało po raz pierwszy udokumentowane w 1086 roku, w akcie darowizny przez normańskiego hrabiego Enrico, pana Monte Sant'Angelo, samego kościoła i innych otaczających go terenów, w tym jeziora, na rzecz opactwa benedyktynów SS. Trójcy Cava de'Tirreni. Dzięki darowiznie mnisi z Cavy weszli w posiadanie nie tylko zrujnowanego lub wciąż w budowie kościoła, ale także licznych gruntów i prawa do łowienia ryb na bagnach.
Pierwotnie kościół składał się najprawdopodobniej z niewielkiej części, którą dzięki pracowitości mnichów rozbudowano i wzbogacono o całe wyposażenie niezbędne do nabożeństw i uroczystości.
Zdolność przeorów Cavensi którzy następowali po sobie na czele małej wspólnoty monastycznej, opowiadali się zarówno za zwiększeniem posiadłości ziemskich, zakupem gruntów położonych w każdej części Gargano, jak i pomocą i gościnnością dla pielgrzymów i wędrowców, którzy podróżują wzdłuż „Via Francesca”, udali się do miasta Monte Sant'Angelo, aby odwiedzić sanktuarium Michała.
Faktycznie, w dokumencie z lipca 1113 roku pojawia się wzmianka o:szpital Sancti Benedicti', obiekt recepcyjny, który najprawdopodobniej nie istniał przed przybyciem mnichów Cava.
W XII wieku w pobliżu tej wspólnoty mnichów powstała wioska (zwana także gospodarstwem rolnym) osadników, nad którą władzę sprawował opat Cava za pośrednictwem komornika.
Zmieniona sytuacja gospodarczo-społeczna, jaka charakteryzowała cały region w XIII w., oznaczała w istocie upadek i nagłe zanik wsi oraz przeniesienie mieszkańców do miejscowości zamkniętych. w 1270 r. „casale di Sant'Egidio” został opuszczony.
Z dostępnej nam obecnie dokumentacji nie wynika, czy w kolejnych stuleciach obecność monastyczna miała charakter ciągły, czy sporadyczny, pewnym jest, że w XIV wieku w Sant'Egidio nadal przebywali niektórzy mnisi, prowadzący w tym okresie niemalże pustelniczy tryb życia. pomieszczenia przylegające do samego kościoła.
Z dokumentów pochodzących z XVII i XVIII w. wynika jednak, że pieczę nad kościołem powierzono oblatowi z Cava, zaś poświęcenia sprawował ksiądz z San Giovanni Rotondo: w 1613 r. faktycznie w każdą sobotę odprawiano mszę św. ; kościół był uczęszczany aż do XIX wieku nawet po kasacie w 1807 r., po której ludność Cavy utraciła zależność od Sant'Egidio, a terytorium zostało połączone z otaczającą ją własnością państwową.
W dokumentach znajdujących się w posiadaniu opactwa Cava de' Tirreni znajduje się jedna wzmianka, jeśli chodzi o wyposażenie, o obraz Madonny umieszczony na ołtarzu głównym kościoła; nie ma odniesienia do jego budowy ani struktury wewnętrznej.
W tym względzie przydatna jest dokumentacja, składająca się z wizyt duszpasterskich przeprowadzanych okresowo przez biskupów diecezji Manfredonia, odnoszących się do XVII i XVIII wieku. Zawierają dość dokładne opisy stanu kościoła, ołtarzy i wyposażenia. Obecnie we wnętrzu kościoła nie widać żadnych ołtarzy.
Nie brakuje też ślady pobożności ludowej w zaświadczeniu z 1676 r z procesjico odbywa się z kościoła macierzystego do kościoła Sant'Egidio w trzecie święto Wielkanocy".