Określany jako „Kościół Sióstr”, kościół Santa Maria Maddalena został przyłączony do klasztoru, w którym mieściły się zakonnice należące do zakonu Klarysek. Przyszedł zbudowany w 1609 roku po śmierci wikariusza don Berardino Galassiego, za dochód ze sprzedaży jego majątku (w wysokości około sześciu tysięcy złotych skudi) w wykonaniu postanowień testamentu, w którym prałat wyraził chęć pozostawienia na ten cel pewnej sumy pieniędzy zamiar.
Zakonnice obecne w klasztorze poświęcały się wychowaniu córek stanu cywilnego – zwłaszcza jeśli pochodziły z rodzin ubogich finansowo – nauczaniu cnót kobiecych (czytanie, pisanie, szycie, haftowanie i inne prace), nauczaniu dobrych obyczajów i cywilizacji obyczajów. Zakonnice przyjmowały do klasztoru także nieszczęśliwe córki z niższych warstw społecznych, zabrane z ulic, zapewniały im odzież i całe wyżywienie oraz zatrudniały jako służące.
L 'Obecna konstrukcja pochodzi z 1777 roku, rok w którym świątynię odbudowano pod tytułem Santa Maria Maddalena, na co wskazuje motto umieszczone w dekoracji w kształcie muszli, umieszczonej pod obrazem przedstawiającym Marię Magdalenę u stóp krzyża. Protokoły wizyt pasterskich przeprowadzonych przez biskupów sypontyńskich potwierdzają obecność niektórych kaplic i ołtarzy Santa Maria della Pietà, Santissimo Rosario, Santa Maria del Monte Carmelo i Sant'Antonio da Padova.
W 1925 roku Ojciec Pio zapragnął wybudować na terenie klasztoru szpital – Szpital Cywilny San Francesco, która działała do 1938 r.
Obecnie starożytny kościół został całkowicie odnowiony, a budynek zdekonsekrowany, a pomieszczenia wykorzystywane jako sala konferencyjna i do celów kulturalnych.
Kościół ozdobiono w 1935 roku cennymi malowidłami temperowymi autorstwa mediolańskiego malarza Natale Penatiego, które niestety uległy zniszczeniu w wyniku zawalenia się murów: Maria Magdalena u stóp Krzyża, św. Franciszek głosi kazanie ptakom, św. Klara odstrasza Saracenów, pokazując monstrancję z Najświętszą Eucharystią.
