Imfissra bħala l-“Knisja tas-Sorijiet”, il-knisja ta’ Santa Marija Maddalena kienet annessa mal-kunvent li kien fih sorijiet li jappartjenu lill-ordni tal-Klarissi. Huwa ġie mibni fl-1609 wara l-mewt tal-vigarju fora Dun Berardino Galassi, bid-dħul mill-bejgħ tal-assi tiegħu (li jammonta għal madwar sitt elef skudi tad-deheb) b’eżekuzzjoni tad-dispożizzjonijiet testamentarji li fihom il-prelat wera x-xewqa tiegħu li jħalli somma flus għal dan. għan.
Is-sorijiet preżenti fil-Kunvent iddedikaw lilhom infushom għall-edukazzjoni tal-bniet tal-klassi ċivili – partikolarment jekk kienu ta’ familji fqar finanzjarjament – għat-tagħlim tal-virtujiet femminili (qari, kitba, ħjata, rakkmu u xogħlijiet oħra), għat-tagħlim. ta’ morali tajba u għaċ-ċiviltà tad-drawwiet. Is-sorijiet laqgħu wkoll fil-kunvent lill-bniet mhux kuntenti tal-klassi baxxa, meħuda 'l bogħod mit-toroq, ipprovdewhom bl-ilbies u l-manteniment kollu u impjegawhom bħala qaddejja.
"Ll-istruttura attwali tmur lura għall-1777, is-sena li fiha nbena mill-ġdid it-tempju taħt it-titlu ta’ Santa Marija Maddalena kif indikat minn epigrafu mdaħħal f’dekorazzjoni ta’ forma ta’ qxur, imqiegħed taħt il-pittura li turi lil Marija Maddalena f’riġlejn is-salib. Il-minuti taż-Żjarat Pastorali li saru mill-Isqfijiet Sipontini jixhdu l-preżenza ta’ xi kappelli u altari ta’ Santa Maria della Pietà, tas-Santissimo Rosario, ta’ Santa Maria del Monte Carmelo, ta’ Sant’Antonio da Padova.
Fl-1925 Padre Pio ried li jinbena sptar fil-bini tal-kunvent, l-Isptar Ċivili San Francesco., li baqgħet attiva sal-1938.
Issa l-knisja l-antika ġiet kompletament rinnovata u l-bini ġie dekonsagrat u l-kmamar użati bħala sala tal-konferenzi u għal attivitajiet kulturali.
Il-Knisja ġiet imżejna fl-1935 bil-pitturi siewja tat-tempera tal-pittur Milaniż Natale Penati, li sfortunatament inqerdu meta waqgħu l-ħitan: Marija Maddalena f’riġlejn is-Salib, San Franġisk jipprietka lill-għasafar, Santa Klara tkeċċi lis-Saraċini billi turi l-ostensorju bl-Ewkaristija Mqaddsa..
