L'église de Sant'Egidio di Pantano, dont le ruine, s'élève à environ 3 km à l'est de San Giovanni Rotondo, situé au pied du Monte Calvo sur une terrasse naturelle dominant une vaste étendue, orientée est-ouest, qui abritait un lac alluvial aujourd'hui asséché, appelé Pantano, qui donne encore son nom à la région.
L'existence de l'église de Sant'Egidio a été documentée pour la première fois en 1086., dans un acte de donation du comte normand Enrico, seigneur du Monte Sant'Angelo, de l'église elle-même et des autres terrains environnants, y compris le lac, à l'abbaye bénédictine des SS. Trinité de Cava de' Tirreni. Grâce à la donation, les moines de Cava prirent possession non seulement de l'église, déjà en ruine ou encore en construction, mais aussi de nombreuses terres et du droit de pêcher dans le marais.
À l'origine, l'église était probablement constituée d'un petit noyau qui, grâce au travail des moines, fut agrandi et enrichi de tout le mobilier nécessaire aux offices et aux célébrations.
La capacité de Cavensi Priors qui se sont succédé à la tête de la petite communauté monastique, ont favorisé à la fois l'augmentation des propriétés foncières, l'achat de terres situées dans toutes les parties du Gargano, et l'assistance et l'hospitalité aux pèlerins et aux voyageurs qui, parcourant la "Via Francesca", ils se rendirent à la ville de Monte Sant'Angelo pour visiter le sanctuaire michaelique.
En effet, dans un document daté de juillet 1113, il est fait mention d'unhospitalis Sancti Benedicti', une structure d'accueil qui n'existait probablement pas avant l'arrivée des moines Cava.
Au XIIe siècle, un village (appelé aussi ferme) de colons s'établit à proximité de cette communauté de moines, sur laquelle l'abbé de Cava exerçait sa juridiction par l'intermédiaire d'un bailli.
Le changement de situation économique et sociale qui caractérise toute la région au XIIIe siècle marque le déclin et la disparition soudaine du village et le transfert des habitants vers des localités fermées, en fait en 1270 la 'casale di Sant'Egidio' fut abandonnée.
La documentation dont nous disposons actuellement ne nous permet pas de savoir si la présence monastique fut continue ou sporadique au cours des siècles suivants, ce qui est sûr c'est qu'au XIVe siècle certains moines étaient encore présents à Sant'Egidio menant une vie presque ermite dans le pièces attenantes à l'église elle-même.
Cependant, des documents relatifs aux XVIIe et XVIIIe siècles suggèrent que la garde de l'église était confiée à un oblat de Cava, tandis que l'officiant était assuré par un prêtre de San Giovanni Rotondo : en 1613, en effet, la messe était célébrée tous les samedis. ; l'église fut fréquentée jusqu'au XIXème siècle même après la suppression de 1807, à la suite de laquelle les habitants de Cava perdirent leur dépendance de Sant'Egidio et le territoire fut uni à la propriété de l'État environnante.
Dans les documents en possession de l'abbaye de Cava de' Tirreni, il y a une seule référence, en ce qui concerne le mobilier, à un tableau de la Madone placé sur le maître-autel de l'église ; il n'y a aucune référence à sa construction ou à sa structure interne.
À cet égard, la documentation est utile, constituée des visites pastorales effectuées périodiquement par les évêques du diocèse de Manfredonia, relatives aux XVIIe et XVIIIe siècles. Ils contiennent des descriptions assez précises de l'état de l'église, des autels et du mobilier. Actuellement, aucun autel n’est visible à l’intérieur de l’église.
Il n'y a pas non plus de pénurie des allusions à la dévotion populaire dans l'attestation de 1676 d'un cortège'ce qui se fait depuis l'église mère jusqu'à cette église de Sant'Egidio lors de la troisième fête de Pâques".