La iglesia de Sant'Egidio di Pantano, de la cual el restos, se eleva a unos 3 km al este de San Giovanni Rotondo, situado al pie del Monte Calvo en una terraza natural que domina una vasta extensión, orientada de este a oeste, que albergaba un lago aluvial hoy recuperado, llamado Pantano, que aún da nombre a la zona.
La existencia de la iglesia de Sant'Egidio se documentó por primera vez en 1086, en un acto de donación del conde normando Enrico, señor de Monte Sant'Angelo, de la propia iglesia y otras tierras circundantes, incluido el lago, a la abadía benedictina de las SS. Trinidad de Cava de' Tirreni. Con la donación, los monjes de Cava pasaron a poseer no sólo la iglesia, ya arruinada o aún en construcción, sino también numerosos terrenos y el derecho a pescar en la marisma.
La iglesia en su origen probablemente estaba formada por un pequeño núcleo que, gracias a la laboriosidad de los monjes, fue ampliado y enriquecido con todo el mobiliario necesario para los servicios y celebraciones.
la capacidad de priores cavensi que se sucedieron al frente de la pequeña comunidad monástica, favorecieron tanto el aumento de las propiedades territoriales, adquiriendo tierras situadas en todos los rincones del Gargano, como la asistencia y la hospitalidad a los peregrinos y caminantes que, recorriendo la 'Via Francesca', fueron a la ciudad de Monte Sant'Angelo para visitar el santuario micaélico.
De hecho, en un documento fechado en julio de 1113 se menciona unhospital Sancti Benedicti', una estructura de acogida que muy probablemente no existía antes de la llegada de los monjes de Cava.
Durante el siglo XII, cerca de esta comunidad de monjes se estableció una aldea (también llamada masía) de colonos, sobre la que el abad de Cava ejercía su jurisdicción a través de un alguacil.
El cambio de situación económico-social que caracterizó a toda la comarca durante el siglo XIII supuso la decadencia y desaparición repentina del pueblo y el traslado de los habitantes a localidades cerradas, de hecho en 1270 el 'casale di Sant'Egidio' fue abandonado.
La documentación de que disponemos actualmente no permite saber si la presencia monástica fue continua u ocasional en los siglos siguientes, lo que sí es cierto es que durante el siglo XIV todavía estaban presentes en Sant'Egidio algunos monjes que llevaban una vida casi eremítica en el dependencias anexas a la propia iglesia.
Sin embargo, documentos relativos a los siglos XVII y XVIII sugieren que la custodia de la iglesia estaba confiada a un oblato de Cava, mientras que el oficio lo desempeñaba un sacerdote de San Giovanni Rotondo: en 1613, de hecho, se celebraba misa todos los sábados. ; la iglesia fue frecuentada hasta el siglo XIX incluso después de la supresión de 1807, tras la cual los cavas perdieron su dependencia de Sant'Egidio y el territorio se unió a la propiedad estatal circundante.
En los documentos en posesión de la Abadía de Cava de' Tirreni hay una única referencia, en lo que respecta al mobiliario, a un cuadro de la Virgen colocado en el altar mayor de la iglesia; no hay referencia a su construcción o estructura interna.
En este sentido resulta útil la documentación consistente en las Visitas Pastorales realizadas periódicamente por los obispos de la diócesis de Manfredonia, relativas a los siglos XVII y XVIII. Contienen descripciones bastante precisas de las condiciones de la iglesia, los altares y el mobiliario. Actualmente, no se ven altares dentro de la iglesia.
Tampoco falta indicios de devoción popular en la atestación de 1676 de una procesión'que se hace desde la iglesia matriz hasta esta iglesia de Sant'Egidio en la tercera fiesta de Pascua".