Definida como la "Iglesia de las Monjas", la iglesia de Santa María Magdalena estaba anexa al convento que albergaba a las monjas de la orden de las Clarisas. Él vino construido en 1609 tras la muerte del vicario foráneo don Berardino Galassi, con el producto de la venta de sus bienes (que ascienden aproximadamente a seis mil escudos de oro) en ejecución de las disposiciones testamentarias en las que el prelado expresaba su deseo de dejar una suma de dinero para este objetivo.
Las monjas presentes en el Convento se dedicaban a la educación de las hijas de la clase civil - sobre todo si pertenecían a familias económicamente empobrecidas - a la instrucción de las virtudes femeninas (lectura, escritura, costura, bordado y otros trabajos), a la enseñanza de las buenas costumbres y a la civilización de las costumbres. Las monjas también acogieron en el convento a las infelices hijas de la clase baja, sacadas de las calles, les proporcionaron ropa y todo el sustento y las emplearon como sirvientas.
El La estructura actual data de 1777., año en que el templo fue reconstruido bajo el título de Santa María Magdalena, como lo indica un epígrafe insertado en una decoración en forma de concha, colocado debajo del cuadro que representa a María Magdalena al pie de la cruz. Las actas de las Visitas Pastorales realizadas por los obispos sipontinos dan fe de la presencia de algunas capillas y altares de Santa Maria della Pietà, del Santísimo Rosario, de Santa Maria del Monte Carmelo, de Sant'Antonio da Padova.
En 1925 el Padre Pío quiso que se construyera un hospital en el recinto del convento, el Hospital Civil San Francesco., que permaneció activo hasta 1938.
Ahora la antigua iglesia ha sido completamente renovada y el edificio ha sido desconsagrado y las salas se utilizan como sala de conferencias y para actividades culturales.
La Iglesia fue decorada en 1935 con valiosas pinturas al temple del pintor milanés Natale Penati, que lamentablemente fueron destruidas al derrumbarse los muros: María Magdalena al pie de la Cruz, San Francisco predica a los pájaros, Santa Clara repele a los sarracenos mostrando la custodia con la Sagrada Eucaristía.
