Die Kirche San Pio da Pietrelcina wurde von den Minderkapuzinerbrüdern, Brüdern von Pater Pio, und seinen zahlreichen Gläubigen sehr begehrt, um die Reliquien des Heiligen besser unterzubringen und den Eucharistiefeiern, insbesondere an Sonntagen mit einem, Würde zu verleihen großer Zustrom von Gläubigen.
Die architektonische Idee stammt vom renommierten Architekten Renzo Piano, in Zusammenarbeit mit Monsignore Crispino Valenziano für den liturgischen Aspekt.
Um die Gläubigen auf ihrer Pilgerreise zu diesem heiligen Ort zu begleiten, beauftragten die Kapuzinermönche den Priester Pater Marco Ivan Rupnik mit der Erstellung einer ikonografischen Route. Dieser Weg ermutigt die Gläubigen, den Sinn ihres Tauflebens (den Weg des neuen Menschen) wiederzuentdecken und ihm in Richtung Christus zu folgen, indem sie sich vom Beispiel des Heiligen Pio und des Heiligen Franz von Assisi inspirieren lassen. Anschließend führt es die Gläubigen in das Geheimnis Christi (den Palast des Himmelskönigs) ein, das in der Unterkirche durch ikonografische Werke prächtig dargestellt wird.
